ぼる さん
長らく利用していますが、PCのリカバリーやOS(Windows)のクリーンインストールに至る被害の経験はありません。
こう言う物は、必要な時に起動して用事が済んだら停止、と言う使い方が私には基本です。

苦い経験としては、「スタートアップの管理」を利用設定した後でした。
なぜかPC起動に時間がかかる様になった時に調べたら、「Glary Utilities」がスタートアップに登録されていて、この起動時処理がかなり時間を喰っている事が解かり、早速この設定を解除しました。
「スタートアップの管理」は起動時間短縮が目的のはずが、本末転倒でした。
余談ですが、メモリーの即時解放を謳う監視ソフトが実はメモリーを多く喰っている、こんな事を思い出しました。

＞ スタートアップやアンインストールはデフォのものより使いやすいと思うのでそれだけに留めておくべきです。
⇒デフォとは「windowsのデフォルト機能」の事でしょうか?
本ソフトのスタートアップ(の管理)は返って起動をより遅くする原因、
アンインストールは結局は「windowsのアンインストール機能」を呼んでいるだけ、
本ソフトのこれは「使いやすい」ものでは無い、と言うのが小生の印象です。

＞ レジストリの修復は手をださないほうがよいでしょう。
小生は、アプリ削除後に痕跡残が認められる場合は、以下の実行します。
・レジストリークリーナー(フリーで一杯ある)を実行、
・regeditで関連字句キー/データー)を一切削除、
・msconfigとサービスを点検、
それでも痕跡残による影響が排除できない時が、最後の手段であるリカバリー/クリーンインストールと言う事になります。
どうせリカバリー/クリーンインストールを行うならば、「レジストリの修復は手をださないほうがよいでしょう。」は無意味では無いでしょうか?