アップグレードによるものなのか、それとも新バージョンのバグなのかはわかりませんが、信頼エリア(ホワイトリスト)の設定が一部を除きすべて消えていたことに気がつきました。
まえのコメントに書いた「誤検出として信頼エリア(ホワイトリスト)に登録したファイルを再び誤検出する現象」もこのせいだと思います。
アップフレードした後に信頼エリアを確認しておくことをお薦めします。

今まで本ソフトのコメントでは「信頼エリア」のことを「ホワイトリスト」と呼んでいましたが、混乱を避けるため、これからは「信頼エリア」と呼ぶことにします。