本ソフトをしばらく使ってみて思ったことを書きます。

本ソフトのファイアウォールおよびHIPSはセーフモードで運用するのが一番よいかと思います。セーフモードですとCOMODOによって信頼とされたファイルに関しては警告が出ず、静かに使うことができます。もちろん自分で一つ一つ設定することもできるのですが、すべてのファイルに対し自分でルールを設定すると、ルールが肥大化してしまい、本ソフトの動作が遅くなるかもしれないです。

本ソフトのインストール直後に、ファイルのスキャンをすることをお薦めします。スキャン結果でCOMODOから信頼されていないファイルに関しては、ViresTotalなどで調べるなどして自分で判断を下せばよいと思います。そうすればその分アラートが減るかと思います。
また、シェルコードインジェクション保護(HIPS設定の中にあります)の設定をすることもお薦めします。シェルコードインジェクション保護というのは一種のメモリ保護です(詳しくはwikipediaへ)。デフォルトですべての実行プログラムが保護されるようになっているのですが、これによって不具合が生じることもあるかと思います。個人的にはWindowsのシステムフォルダやアンチウイルスソフトを除外に指定することをお薦めします。

セキュリティの多重防御という点において、本ソフトの様々な機能は非常に素晴らしいと思います。これが無料で使え、さらに(公式ではないですが)日本語で使えるのは素晴らしいと思います。ただ不具合が多いというのが残念なところです。自分の環境では前のコメントで書いたような不具合が起きました。
本ソフトを使用する前に、本ソフトの機能・設定に関してある程度把握しておくことをお薦めします。そうすればある程度の不具合に関しては対処できるのではないでしょうか。