ファイル数が多すぎると比較時点で時間がかかりすぎる。
転送速度も早いわけじゃない。

タスクマネージャのパフォーマンスを見てると、挙動がWindowsのコピーと同じなんで、それを使ってるんだろうと想像できる。Windowsのコピーって、名前によってコピー出来ないファイルがあったりするんで、少し下の『信用出来ない』の書き込みの人は、この辺の理由で引っかかってるんじゃないかと思う。
(ソフトのバグではなくOSの仕様の問題)

今はFastCopyのショートカットを改造して同期してるんで、このソフトはもう使ってない。複数のルールを同時に処理したいなら、FastCopyをベースにbatファイルでも作れば良いと思ってるし。