MediaCoderを使用するにはFireFoxの導入が欠かせないので注意してください。FireFoxを導入していないとMediaCoderの基本設定から詳細設定まで変更することが出来ません。

MediaCoderは非常に多くの動画・音楽形式に対応し相互に変換することが可能です。エンコード時間も短く動画の場合は画質も綺麗に変換できます。その他に色調補正、ノイズ低減、インターレース除去機能、動画ファイルと音声ファイルの分離、音声ファイルの結合、時間・サイズ・フレーム指定の分割、音声のリサンプル、画像のリサイズ / クロップ、フレームレートやアスペクト比の変更、フレームの回転、音ズレ補正、字幕合成... 等々出来ることも非常に多いです。

しかし、使いにくい見た目の上に設定の組み合わせによってはエラーを連発するので、初めて動画・音楽をエンコードしたい方には向いていません。使いこなせれば何でもできる化物のようなフリーソフトですが、ある程度動画編集の知識を持った方用だと思います。
インストールからMediaCoderの大まかな設定はこちらに丁寧に解説されています。
http://www.gigafree.net/media/conv/mediacoder.html
MediaCoderの疑問や編集設定が分からない方はこちらを参考に。
http://www13.atwiki.jp/mediacoder/

「MediaCoderは使いにくいけど細かい設定でエンコードしたい」と言う方はXMediaRecodeの方が使い易いかもしれません。