まずまずさん
3.0 トライアルしましたが、その前に HPにて確認すると
Real-time protection
Anti-exploit
Anti-ransomware
Malicious website protection
4つの機能が、14日間使用可能となります。
(インストーラDL時に、確認されているとは思いますが）
次にインストール時に、常駐保護機能のON Off の選択メッセージboxが現れますので
そこで設定ができます。

又、インストール後の設定変更ですが、ソフトを立ち上げるとダッシュボード画面が
表示されますが、左側に設定ボタンがあります。
それをクリックしますと、保護のタブの中で、リアルタイム保護の設定画面が現れます。
その中の上がら3番目

マルウエアの保護：マルウエアの感染防止の項目をOFFにすれば、常駐保護は切れます。
タスクトレイ常駐マークを右クリックでも、設定変更可能のようです。

尚、これも確認済みとは思いますが
インストール時に、『Malwarebytes 3兄弟（MBAM，MBARW,MBAE）がこの新MBAMに統合され、
旧MBARW,MBAE は、MBAM3.0インストールした場合は、強制アンインストールされます。』
とのメッセージが現れます。（実際、アンインストールされた。）
MBARW,MBAE機能は、Free版では、インストール後14日間しか使用できないようですので
注意が必要ですね。

私は旧バージョンに戻して、3兄弟を使用したいと思います。

しかしながら、今回のアップデートは、少し残念です。
機能の統合と同時に、事実上のMBARW,MBAEの有料化という事ですね。
市場の評価も好調で、有料化に序々にシフトする方向だという事なんですかね？