nagさん

＞コピーは出来たのですが全体的に動きがもっさりしてます。
＞起動に時間がかかったりソフトの動きが重くなったり。
＞なぜだろう？？

おそらくアライメント(整合性)がとれてないからです。その辺の確認はしましたか？
つまり正常にコピー出来ていません。
クローン作成に際してそれを邪魔するソフト類を先に排除しておかないと正常にコピー出来ない事があります。通常、セキュリティ関係のソフトはほぼ全て邪魔をします。これらをOFFにするかそれでも駄目ならばいったんアンインストールしてみて下さい。
それで正常に移行できるかと思いますがごくまれにソフトとそのSSDとの相性などもあります。（メーカーによります。）