作者さんのサイトで新しいスキンが別途ダウンロード出来る様になりました。
http://hide-inoki.com/bbs/phpbb2/viewtopic.php?t=930
一番下の「e39msport.zip」をDL、解凍、加工し、「背景色」を自由に変更できます。

1. 解凍して中のBackground_Wt.pngファイルを適当な場所に作ったフォルダーにコピー
2. ファイル名から_Wtを削除し、拡張子を.pngから.bmpに変更(途中で拡張子変更に伴う警告が出るが無視)

3. FastStone Image Viewerを起動(無ければこの際ダウンロード http://freesoft-100.com/review/faststone-image-viewer.php)

4. ファイルメニュー「開く」で「1.」フォルダーのBackground.bmpファイル読み込み
5. カラーメニュー「カラー調整」で各スライダーを使って色を調整(ピンク色にも出来る)
7. 色が決まったらOKボタンクリック
6. ファイルメニュー「別名保存」で保存(保存場所が同じだと上書き保存の警告が出るが無視して上書き保存)し、終了

8. 「1.」のフォルダーに、「Weather」フォルダー内の「images」フォルダー内「Default」フォルダー内にある天気アイコンをコピー(元からある緑色のBackground.bmpファイルとSettings.iniファイルはコピーしない)
9. 「1.」のフォルダーに適当な名前を付けて、「Weather」フォルダー内の「images」フォルダー内に移動
10. 机上予報を起動
11. 右クリックメニュー「オプション設定」、スキンタブ「名称」から「9.」のフォルダー名を選択しOKボタンクリック

以上で完了です。

表示画面の「背景色」を自由に変えられるとデスクトップの壁紙と色が被る事がなくなるので見やすくなります。

最近思うのですが、0時から21時までを一気に表示させられたらもっと見やすいですね。
今日と明日の天気部分が七つの時間帯しか表示出来ない現在の仕様には、何か変えられない理由があるのでしょうかね？