サブ(Windows10(32bit))に導入していますが、先日のトラブルの際にgeekUninstallerで削除して、再度開発元からインストールし直しました。
念の為に、導入している360Total Securityで全スキャンかけたところ、トロイの木馬が表示されました。
やはり、CCleanerのアンインストールだけでは、だめなようですね。
以前の32bit版からご利用の方は、一度お手元のセキュリティーソフトで全スキャンをする事をお勧めします。

なお、64bit版の方は窓の杜の記事にもありますが、影響はなさそうです。
こちらも、念の為に導入しているセキュリティーソフトで全スキャンをかけてみましたが、問題ありませんでした。