「緯度経度情報」で設定入力は出来ましたが、
相変わらずPC起動時に「Where am I?」画面が開くのは変わりませんでした｡

f.lux: F.A.Q.
https://justgetflux.com/faq.html
に、該当する問題が解説されています。
＞ f.lux on Windows
● The Windows f.lux UI now shows everytime I reboot. How do I make it hide again?
＞ 再起動するたびに、Windows の f.lux UI が表示されるようになりました。 どうすれば？
居住地設定が未了の場合に、（Where am I）設定の催促画面がでます。自動設定はうまく動作しません（特に、USA に住んでいない場合は特にそうです）。Location（座標：緯度経度情報）を入力し、[OK]ボタンをクリックして設定を行えば、設定の催促画面がでなくなります。

「座標」の書式が正しくないのでは？
＞ すべての文字種が「半角英数の大文字」
＞ 先ず、北緯値（N）を。序で、東経値（E）を。その間は「,」でつなぐ。

回避策として、
下記の（東京）座標値
36.70N, 140.19E
をコピペし、その「座標値を修正」する手法ではどうでしょうか？

＞ General questions
● f.lux is not showing my location very accurately. How do I fix this?
f.lux は居住地の座標を正確に表示しません。
これは、プライバシーを保護するための意図的な設計によるものです。 実際の座標点を 0.1度ずらします。 これにより、f.lux は約30秒以内の時差が生じます。

おまけ：
＞ Release Notes（What’s new: f.lux changes and bug fixes）
https://justgetflux.com/news/pages/v4/readme/