Primoを使っていましたが、縦のPDFが勝手に横になってしまったりして、不便だったので評価の高いBullzipに変えました。
PDFだけではなくJPEGやTIFF、EPS、PNG、BMPなど何にでも変換できるので大変便利です。
ですが、にゅうたいぷさんがおっしゃるように、ＰＤＦの結合、分割が出来るフリーソフトには対応しておらず、エラーになります。
結合はBullzip上で出来るのですが、ドラッグ＆ドロップで結合できるフリーソフトに比べると不便感は否めません。
ちなみに、Bullzpのファイル作成画面の「結合」のところで、結合させたいファイルPDFを指定し、位置を「下」に指定すれば、今開いているデータが結合させたいPDFの２頁目に入ります。何頁か結合させたい時は、それを繰り返すしかないように思われるのですが。他にもやり方があるのかもしれませんが、ちょっとわかりません。