＞ Groot さんへ
2018/06/02 からの個人ユーザー（無料版）です。この間、何らの不具合も未経験です。
確かに、いくつかの Program の隔離を経験しましたが、削除はされず、無効化されて隔離されています。
・隔離場所：
ツール(T) ＞ 検疫
そこには「検疫」されたプログラムが存在します。「復元」したい場合には、その項目で右クリックで選択します。
・ホワイトリストの方法：オプション(P) ＞ ユーザー指定除外Files

クリーナー機能を使用したことがないので、その実情については不明です。
差し当たり、サポートの利用をお薦めします。
https://appcheck.jiransoft.jp/ask/
E-mail は、 営業日（平日10:00～18:00）内でのやり取りができ、適切で、迅速な Support を得られます。