あの騒動以降も相変わらず私は使用しています。 現時点、Ver.5.47.6716 が最新版。
やはり便利なので、削除項目を限定（厳選）した上、ポイント的に使用しています。
なお、私が使用しているのは「Pro 64bit版」であることを念のために申し添えます。

【追記】2019年02月27日 04時18分
現在、Ver.5.53.7034は特に問題点も感じず、一時ファイルや履歴の削除に使用中。
なお、Giveaway of the Dayで配布の「Ashampoo WinOptimizer 15」を併用中。
旧Ver. ですが、利用価値のある機能が無料で使用できるのは、本当に有り難いです。

【追記2】2020年05月27日 18時46分
CCleaner は、ジャジャ馬のような一面があって、使用するのをやめました。
利潤追求する企業が無料提供するソフトですが、ユーザーには安全性が重要。
Free Window Registry Repair の方が、感触として安心のように思います。