動画の解像度変更しての再エンコ（1920→1280）や動画の前後の不要部分をカットしての再エンコで2-pass mp4の変換に利用しています。
その程度の利用範囲で、変換部分の指定方法が面倒な仕様だなぁと思う以外に特に問題を感じたことはありません。