ソフト自体は良いソフトだと思います。ただこの手のクリーニング系のソフトは、パソコンの初心者や、パソコンに十分な空き領域のある人は使わない方がいいかと思います。
必要に迫られて実施するにしても、ファイルクリーニングはまだしも、レジストリのクリーニングは、CCleanerといえども、よほど慎重に、レジストリのバックアップを取ったうえで、削除しても問題がないと確信できるものだけに止めておいた方がいいと思います。さもないとパソコンが不具合を起こす可能性が十分にあります。
自分も以前、日にちが経っていたのでCCleanerのせいとは言い切れませんが、インテル(R)ディスプレイドライバーのバージョンアップの際、旧バージョンアンインストール後、新バージョンがインストールできず、その時システムの復元ポイントが全て無くなっていたことがありました。
この時はレジストリのバックアップからレジストリを復元し、無事インテル(R)ディスプレイのバージョンアップができましたが、一時はバックアップソフトからの復元や、最悪初期化まで考えたほどです。システムの復元ポイントは当然復活しません。
その後はレジストリのクリーニングはしていません。