さくっとしか使ってみていませんが私の環境だとMP4は再生されました。
MP4を再生するのにDirectShowを使っているので
表示できないのなら何かを別途インストールが必要だと思われます。

他のプレーヤーで表示は出来ているということなので、
そのプレーヤーがDirectShowを使って表示しているかどうか？
使われているプラグインのkbmov.kpiは正常か？設定が間違っていないか？
使っていないならDirectXがインストールされているかどうか？
…等々問題が多岐にわたるので本家のサポートに聞いた方が早いと思います。