横から失礼します。最後に使用したのは1年以上前でしょうか。実情は分かり兼ねますが、③の現象（私はタイル）はありました。
＞④デスクトップ上のアイコンが少しずつ消えている。
私の場合（ショートカット）も頻繫にありました。（残っていても無効なアイコン）
①はなかったです、②は「サブマシーン」を使用の為未確認、

決定的だったのは「空フォルダの削除」で『Edge』機能不全（ほっといていましたが）
■【“月例更新プログラムインストールエラー”これには参りました】
（デフラグ系は手を付けておりませんが...）
何らかの（レジストリ系か？）「余計な☑」が原因だと思います。結果「アンインストール」致しました。

今はデフォルトの「ストレージセンサー」がある為ですか「クリーナーソフト」を使用する方はあまりいらっしゃいですね。
私個人は『Privacy Eraser』を使用「レジストリクリーナー」使用は無し、「ドライブワイパー」も1度だけ（何らかの警告表示があり）で
今は無し、
『Privacy Eraser』の良い所は良く分からない所に☑を入れてしまうと「警告ポップアップ」を表示する所がいいと思います。
導入約三週間後「初レビュー」致し、現在も「不具合無」です。

※お分かりかと思いますが、分からない所は☑無しで、「復元ポイント」や「バックアップ」（リストア）忘れずに、
参考になれば幸いです。