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プログラム本体は、Program Files 配下に（下記の３つのフォルダーが独立して）生成されます：
① Waterfox 配下に、plugins（npPDFXCviewNPPlugin.dll）が格納されます
② Waterfox Classic
③ Waterfox Current
その Profiles は、
ユーザー ＞ AppData ＞ Roaming ＞ Waterfox ＞ Profiles に独立して格納されます。
********.default（Classic）
********.68-edition-default（Current）
当方は、従前から（Waterfox、Alpha を）併用しており、
今回の Waterfox Classic、Waterfox Current のリリース時（Waterfox 2019.10 Release：October 23, 2019 ）に、
それぞれを（先ずは Classic を、次いで Current を）インストールし、双方とも「更新」が正常に完了できました。
旧 Waterfox のユーザーが更新する場合には、
「Classic」への更新をせずに、「Current」をインストールした場合に、
「Waterfox」の Current へのアップグレードとして認識し、上書き更新をしてしまう事例があるようです。
Classic への更新をしないまま「Current」をインストールする場合には、「カスタムセットアップ」を選択し、Profile が干渉しないように注意した方が良いようです。
※ なお、公式からは「プログラム名のリネームや、フォルダー構成を手動で入れ替えることはサポートされていない」ため、起動不能や更新不能になるので「厳禁」と宣言されています。
プロファイル管理について：
How To Create Multiple Firefox Profiles For Specific Tasks（特定のタスク用に複数の Firefox プロファイルを作成する方法）
https://www.ghacks.net/2011/08/05/how-to-create-multiple-firefox-profiles-for-specific-tasks/