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当方では、
プログラム本体は、Program Files 配下に（下記の３つのフォルダーが独立して）生成されています。
Waterfox 配下に plugins（npPDFXCviewNPPlugin.dll）が
Waterfox Classic
Waterfox Current
その Profiles は、
ユーザー ＞ AppData ＞ Roaming ＞ Waterfox ＞ Profiles に独立して格納されています。
********.default（Waterfox Classic）
********.68-edition-default（Waterfox Current）
Waterfox は、従前から（Waterfox、Alpha を）併用しており、
今回の Waterfox Classic、Waterfox Current のリリース時（Waterfox 2019.10 Release：October 23, 2019 ）に、
それぞれを（先ずは Classic を、次いで Current を）インストールし、双方とも「更新」が正常に完了できました。
ひょっとすると
「Classic」の更新をせずに、
「Current」をインストールした場合に、
「Waterfox」の Current へのアップグレードとして認識し、上書き更新をしてしまうのかもしれません。
旧 Waterfox のユーザーが更新する場合には、
更新の手順（先ずは Classic を、次いで Current を更新）に注意が必要なのかもしれません。
インストール時に「カスタムセットアップ」を選択し、Profile が干渉しないように注意した方が良いのかもしれません。
※ なお、公式からは「プログラム名のリネームや、フォルダー構成を手動で入れ替えることはサポートされていない」ので、起動不能や更新不能になるので「厳禁」と宣言されています。