＞再度3.0.7をインストールして、コメントの通り2つのチェックを外すと、ブロックしたいソフトも通信可能になってしまいました。
試しに「無効化されているアプリ」に移動させても通信可能のままでした。

ブラックリストモードでは、エンドユーザーの「拒否」設定により、通信がブロックされる仕様です。
つまり、初期値は「オール許可」になります。
その拒否設定は、下記の要領です：
アプリのアイコンを右クリックし、ウィンドウを表示/非表示を選択、タブ（アプリ）を開き、アプリの左端 □ にチェックを付与します。
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しかしながらブラックリスト方式では、前述のように、チェックを付与するまでの間は、通信が許可されてしまいます。
そのため「お勧め」は、ホワイトリスト方式（初期値は「オールブロック」で、許可したいものにチェックを付与）です。