＞ 少し日にちを空けてCURRENTをインストしました。インスト時にプロファイルが入るであろうファイルを自分でAPPDATAに作り、そこに新たなプロファイルで行いました。無事に別々で起動できるようになりました。ただ、やっぱりCLASSICのAPPDATAにあるプロファイル(DEFAULT)には、
CURRENTのプロファイルも入っているんですね。編集で開くと[PROFILE1]にありますね。「IsRelative=0 Path=C～」ってあるやつです。気になってはいるのですが、現状上手くいってるので弄らない様にしてます。

その記述内容ならば、OK です。
（当コメントなどを閲覧される）第三者向けに、内容の核心部を整理しておきます。

先ず第一点：
「プログラム名のリネーム」と「フォルダー内の内部構成を手動で追加や削除する」ことはサポートされていない」ため、起動不能や更新不能になるので「厳禁」と公式アナウンスされています。

第二点：
プログラムの本体は、Program Files 配下に（下記の３つのフォルダーが独立して）生成されます：
① Waterfox 配下に、plugins（npPDFXCviewNPPlugin.dll）が格納されます
② Waterfox Classic
③ Waterfox Current

第三点：
その Profiles は、
ユーザー ＞ AppData ＞ Roaming ＞ Waterfox ＞ Profiles 内に格納されます。
「Classic」のフォルダー名は、********.default
「Current」は、********.68-edition-default
このフォルダー内は、それぞれの固有の Profiles が格納され、相互に共有されるものは [PROFILE1] に格納されます。
※ よって、これらの自動生成されたフォルダー名のリネームは厳禁であり、Profiles の内部構成を手動で追加や削除することもご法度です。