書き出ししようとしている動画の詳細(サイズや形式、オプション等)やPCの環境(メモリ、プロセッサ、PCの型番等)をよろしければ追記機能等で教えていただけないでしょうか。
自分の環境で、一本15秒の動画を5つほどつなげて1分程度の動画を作り、デフォルト設定のまま3回ほど書き出ししましたが、3回中1回は一時的に(10秒ほど)すべてのアプリケーションがフリーズしましたが、シャットダウンまではいきませんでした。CPU温度は平均で10°Cほど上昇しています。

Shotcutは素晴らしいソフトウェアでありながら、不安定さも持ち合わせています。
https://freesoft-100.com/review/comment/18123/
これは私が遭遇したShotcutの不具合です。(リンク切れだったら申し訳ありません。)

もう試されているかもしれませんが、今考えられる対処法としては、Windowsの高速スタートアップを無効にして再起動する、書き出す際の形式を変えてみる、もしくは、PCの温度が上がりすぎていないか確認してみてください。特に、もし排熱の悪い低スペックノートPC等をご利用の場合は注意してください。突然のシャットダウンとなると、ハードウェア面の問題も考えられますので。