ファイル→追加（更新チェック対象のファイルを一覧に追加する）
オプション→追加フォルダ（スキャン対象のフォルダをリストに追加する）
オプション→除外フォルダ（スキャンから除外するフォルダをリストに追加する）

ファイル→フォルダをスキャン（指定したフォルダのみをスキャン）
ファイル→インストールされたソフトをスキャン（通常のスキャン）
ファイル→ディープスキャン（スキャンと同時に更新チェックが行われる）
オプション→スキャン→通常（通常のスキャン）
オプション→スキャン→徹底的（通常よりも深いスキャン）

更新チェックを省略する（ツールの更新チェックを省略するリストに追加される）
右クリック→削除（一覧から取り除く）
右クリック→無視（ツールの無視リストに追加される）


このように似たような設定があるため紛らわしいです。
除外するものは基本的に無視リストに入れればいいので、更新チェックを省略するリストや除外フォルダと使い分ける必要性はあまり無いかと思います。
徹底的（遅い）とディープスキャンについてはよく分かりません。

【追記】2020年02月29日 11時16分
追加フォルダについてですが、PCに新しいソフトを入れた際SUMo単体ではそのソフトがスキャン対象になったかどうかが分かりにくいので、あらかじめツール→エクスポートでソフトを入れる前の一覧を出力しておき、テキスト差分ツールでソフトと入れた後の一覧と比較すれば追加フォルダに入れるべきかが分かると思います。