もしかしてだけど、エンコードに必要なLameとかAAC等のDLLを入れてないんじゃないですか？
PC内にそれらのDLLがあっても設定しないとダメだったような気がします。
設定の方法は忘れましたが、えこでこツールのexeと同じフォルダ内にlame_enc.dllを別途DLしてきて入れてます。
自分は基本的にmp.4等の動画からの音声抽出に使ってますが普通に抽出できてますし、普段はしませんがこの投稿をみてmp3のビットレート変更をしてみましたが普通にビットレートを落とせました。

多くの人が使えているソフトで特に大きな不具合も報告されてないですし、最近は如何か知らないですがPC系の雑誌にも紹介されたソフトなので上手く動かないのはソフトの問題というよりは、あなたの使い方（設定等の準備も含めて）の問題だと思います。