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公式からリンクされている RBTray SourceForge project pageの discussionに派生版があります。
本家は最小化ボタンの右クリックですが、派生版は他に
・Shiftキーを押しながらタイトルバーを右クリック
・Win+Alt+Down(アクティブウィンドウのみ)
と、さらに2通りの方法が追加されています。
Win+Alt+Downを何らかのマウスジェスチャーソフトに登録すれば、マウスでどこからでも格納できるようになるので、自分にとってはこれが大きいですね。
cmd.exeは管理者権限で実行した場合は不可ということではないかなと思います。
通常のcmdの起動なら問題なく格納されました。
もうこれは仕方がないでしょう。