他とは違うオプションが使える風変わりな空フォルダ検索ツールですね。

ふつうこの手のツールは、存在を無視して検出するファイルタイプをオプションで指定するものが多いので、ちょっと理解に苦しみましたが、「Contains only the following file extensions (leave blank for any):」
は、指定した拡張子のファイルを含むフォルダは検索結果から「除外する」動作をしますね。

【追記】2021年02月04日 12時29分
頭が混乱します。どうやらこのオプションに対して現バージョンの v1.4 は以前のものと逆の動きをするようです。

v1.1 (v1.2) なるものを探して試してみました。窓の杜等での説明の通り「項目に拡張子を追加すると、追加された拡張子を持つファイル以外が含まれているフォルダーは抽出の対象外となる。」挙動でした。