バックアップ元や先がドラッグ＆ドロップができないことがあると思ったのは、勘違いでした。ソフトの外側でエクスプローラを使うとできます。ソフトの中では、ツリー表示で出てくるのでカーソルで選んで指定すればよい。

コピー先のフォルダーは、適当に指定すればよいので、日付をつけたフォルダーを作れば、年代別のコピーも取れる。
除外フォルダーや除外ファイルも指定できるので、やりたいことはほとんどできます。