何か挙動が変。

しおりがあるPDFファイルを読み込ませ「しおり設定ファイル出力」でXMLファイルを出力
→そのPDFファイルを読み込ませ、しおり無しで結合（pdf_as_しおり設定ファイル仕様.txt の末尾の通りの操作）
→しおり無しになったPDFを読み込ませ、先程出力したXMLファイルも読み込ませ、「結合時しおり」にチェックを入れて結合

とすると元に戻るはずがしおりがおかしくなる。（しおり無しのファイル名1つだけのしおり項目になる）

そして、複数の画像ファイルを「画像ファイルをPDFに変換」でしおり付きでPDFにしても、しおりの見出しが設定ファイルの内容通りにならない。

あと、ほかの方も書いているエラーが出る件はオプションの「プレビューあり」のチェックを外すといくらかは回避できる模様（全部回避はできない）。