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ところで、
当「Issue」についてですが、
問題のバージョン「Scan Engine Version 1.1.18100.5」
の修正版「Scan Engine Version 1.1.18100.6」が公開されました。
Windows Defender のエンジニアは、新しいバージョン（1.1.18100.6）で「問題が解決する」と回答しています。
https://docs.microsoft.com/en-us/answers/questions/376490/windows-defender-issue-on-server-lots-of-files-bei.html?page=1&pageSize=10&sort=oldest
【要旨】
回答者: Windows Defender Engineer
----Issue----
フォルダ
c:/programdata/microsoft/windowsdefender/scan/history
内に沢山のファイルが生成される
----Clarification----
問題が生じるエンジンのバージョンは「18100.5」です。
この修正版は。通常のリリースサイクルで行われ、今週の木曜日にメインストリームで公開する予定です。
リリース: 木曜日（5/6）
つまり、日本時間では「５月７日の金曜日」です。
修正版は、通常の方法(SCCM, WSUS...)で Signature Update をインストールするか、オフラインアップデートパッケージ(Latest security intelligence updates for Microsoft Defender Antivirus and other Microsoft antimalware - Microsoft Security Intelligence)をインストールすることで適用することができます。
適用後、システムの再起動が必要です。