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Version 3.2.0 （2021/08/08）が公開されており、使い勝手が向上しています。
特異事例の件「私のユースケースでは（画像ファイルが、100万超で、3テラバイトに及ぶので）7時間ほどを要しました。」ですが、
可能な限り（PC 動作に必要不可欠なプログラム以外の）他のタスクを「End task（タスク終了）」してから、「hash 検索」を実行することで、検索効率（スピード）を最大限に向上できます。
Czkawka での「hash 検索」実行時には、
システム（PC）をオフライン化（外部との通信を完全に遮断）して、AV なども終了し、CPU パワーを「Czkawka 」に集中させる使い方が合理的と感じています。
検索実行時には、
CPU パワーを可能な限度値（フルパワー状態）まで使用するので、
CPU が過熱（私のユースケースでは、CPU：43℃/通常が、65℃程度に上昇）し、
マザーボードなどの温度が上昇します（閾値との関係に注意が必要かもしれません）。
システムモニター「thilmera7」で閾値警報と異常値でのシャットダウンを設定しているので、
「hash 検索」の途中に、設定値超過からシステムシャットダウンを幾度か経験しました。
そのため、
システムモニター「thilmera7」での
Alert（警報）設定を
CPU：65℃
HDD：60℃
Motherboard：60℃
に調整し直し、
Shutdown due to temparature（温度によるシャットダウン）を
CPU：80℃
HDD：60℃
Motherboard：65℃
に設定を改め、
万が一の熱暴走やシステム保護の（試行錯誤に基づいた現状）対策をしています。
ちなみに「通常」値は「CPU：43℃、HDD：45℃」程度です。