新しいバージョンになって、「ストリームのみコピー」のチェックボックスが追加されたようですね。

このオプションを有効にすると、ソフトの挙動を再エンコードせずコピーする動作に限定させることができます。
以前のバージョンではファイルごとに一々これを指定する必要があったんですが、これが実装されたことで"MKVをMP4に無劣化変換する"のような作業が楽になりました。

これは「Video Container Changer」でも全く同じことができますが、こちらでは動画から音声だけ無劣化で切り出すといったこともできるため多種多様な使い方ができると思います。