UNIX(Linux含む)系のtar.gz等、Windowsでは使わない拡張子がついた、二重で圧縮されているファイルを解凍するにWindowsが必ず誤作動する。
設定は解凍時、元ファイルのあったパスに解凍するように設定。
するとWindowsは、ファイルがある場所は、保存するための領域ではないと警告が出ます。

1度めのファイルも、ここにはファイルは存在しない、と警告がでるのですが、警告を無視して解凍作業すると、正しく動きます。

以降、このアプリとは特定できませんが、
MFTのビットマップ属性にエラーがあると
chkdskでは検出しています。

他のすべてのアプリでは、こうした警告が一切出たことがないので、このアプリに原因がある可能性は高いと判断できます。

このエラー、MFT云々のエラーは修正が面倒で、chkdsk /scan で修復できますが、本当に修復されたかどうかは、疑わしい。
ともかくも厄介な問題です。