全てのファイル管理をFenrirFSにまとめようとすると無理があると思います。私は次のように使い分けています。

社内の他者と共同作業するファイルはSharePointやファイルサーバに置いています。それぞれブラウザとExplorerでアクセスしています。

ローカルでは、ExplorerとFenrirFSとで使い分けています。

タスク単位でフォルダを作り、Explorerでファイルにアクセスしています。

FenrirFSには、再参照したり、再利用したりしそうなファイルを保存しています。FenrirFSにファイルを放り込み、関連するキーワードをタグづけしたり、コメントに文書のタイトルを入れたりして、ファイルを簡単に検索できるようにしています。タグのグループ分けは面倒なのでやっていません。タグはあくまで検索キーワードとしてヒットさせるためにつけています。エイリアスは使いません。ファイル名、フォルダ名、パスが変わると、FenrirFSからアクセスできなくなってしまい、その度にエイリアスのメンテナンスをするのが手間だからです。