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最近はパーティションテーブルにGPTを採用することが増えており、至って自然なことと思います.
フォーマット形式についてもWindowsの内部ファイルであるinstall.wim(insall.esd)が4GBを超え、FAT32では対応できないからかと.
強制フォーマットも起動させるためにパーティションの属性を変更し、残っているファイルによる容量不足を起こさず確実に作成するためです.他の類似するソフトの多くや、Windows標準の回復メディア作成ツールでもこの点は同じです.
その点が満足いただけないのであればブータブルメディアの作成は難しいと思います.