自己レスです

VDIにVMware Horizon Clientでリモート接続する際の挙動の問題ですが、下記方法で解決できました。

①クライアントPC側にW10Wheelを入れて設定する。
※私はX1キーをトリガーに設定しています。

②X1キーをHookして無効化する常駐プログラムを作成して、VDI側で動かしておく。
①だけだとX1キーをトリガーにスクロールさせた際に最初にX1のMouseDownイベントが発生してしまい、
ブラウザー等をスクロールさせようとすると「戻る」ボタンをクリックしてからスクロールした動きになってしまうため、
X1キーを無効にするプログラムを常駐させて対応しました。
※X1キーが使えなくなってしまいますが、ほとんど使わないので良しとしています。

グローバルフックのプログラムは難易度がやや高いので誰でもできる方法ではありませんが、これで完璧に動作させることができ、愛用のマーブルマウスをまだまだ使い続けることができそうです！