大変良いファイラーだと思います｡ ブックマークされたフォルダ状態が
うまく復元されない不具合、使い勝手の悪さがあります。これを回避するには

「前回のタブを読み込む」設定 + ポータブルモードで実行

にして自分の最も使いやすい状態を .xmlファイルに保存。別のフォルダに保存
意図しない表示で起動するようになったら（頻繁にある）一旦終了。

この別のフォルダに保存された 「最も良い状態で保存されたxmlファイル」で上書き
して起動すれば、最高の状態でまた起動できます。
これはバッチファイルや常時シンクロで上書きでも手動でも良いと思います｡
readonly はあまりうまく行きませんでした。
この上書きさえしてしまえば 最高の状態でまた使えます。
それとファイルごとの色分けは必ずやったほうががいいです。