レビューありがとうございます。

・メインウィンドウの背景色を任意に選択したい
→次回バージョンで対応します

・各種色指定をカラーコードでも指定出来る様にしてほしい
（iniファイル直接編集でも可）
→次回バージョンで対応します
画面上から設定するI/Fの作成は少し時間がかかりそうでしたのでINIファイルの直接編集で行うようにします。
INIファイルのセクション[COMMON]のキーに下記のように値を設定することでコンボボックスの値は無視されます。
設定例は下記になります。

キー名
MainBackColorVal：メイン画面の背景色
DefaultClockColorVal：時刻の文字色
ShadowColorVal：時刻の陰色

■設定例1
MainBackColorVal=40FF1493
先頭から2文字の40：透明度の値
3文字目から2文字のFF：赤の値
5文字目から2文字の14：緑の値
7文字目から2文字の93：青の値
※各値の範囲は16進数で00～FF

■設定例2
MainBackColorVal=
※値を設定しないことでキーMainBackColorが優先されます

※DefaultClockColorVal、ShadowColorValも同様

・透明度の設定を数値入力（0～100）で設定したい
もしくは、スライダー横にスライダーの値を表示させてほしい
→次回バージョンで対応します
画面上から設定するI/Fの作成は少し時間がかかりそうでしたのでスライダー横にスライダーの値を表示するようにします。
※値が小さいほど透明に近くなります

・余白の設定がHH:MM部に対して反映している為、秒・日付を表示している場合に想定していたレイアウトにならない
→次回バージョンで対応します