レビューありがとうございます。
＞・時計を必ず最背面にしてほしい
＞時計をデスクトップ背景の一部として使用したいのですが、「手前に表示する」のチェックをはずし、クイックスルーモードの状態でも時計をクリックすると最前面に出てきてしまいます。
＞一度最前面に出てしまうと、再設定するまでずっと出ているので少し不便です。
＞触っても手前に表示されないようにするか、すぐ最背面に戻るようにできれば良いのですがどうでしょうか？
→時計の背面の画面等をクリックしたいという事でしょうか？
時計を表示したまま時計の背後のウィンドウ等を操作したいのでしょうか？
残念ながら時計を表示したまま背後のウィンドウ等を操作することはできません。
代わりに共通設定＞基本＞ゲームモード(時計の右クリックメニューからも可能)をお試しください。
時計にマウスポインタが重なっているあいだ時計が消えるので背後を操作ができます。
※時計を操作したいときはCtrlキーを押下してクリック
それとは別の現象でしたら詳しくお聞かせください。

＞・フォントの微調整をできるようにしてほしい
＞具体的には、項目ごとのフォントサイズ変更、等幅化、カーニング、時計と日付の左揃え・右揃え、行間調整などです。高いカスタマイズ性故に、もっとこだわりたくなってしまいました。
→修正量が多くなりそうですぐには対応できませんが前向きに検討します。