まずまずさん。いつもご丁寧に、ありがとうございます。

自動グループ化の機能をアプリ単位でOFFにすると、タブが分離したまま起動しますので
そのようにしていただくと、操作性がよくなると思います。
最新のバージョンでは、自動グループ化を設定しなくても
WindowTabsの[新しいタブ]でアプリ起動していただくと、
グループ化が行われてタブが増えるようになります。


あと、微妙にめんどくさい操作性だとは思うのですが、
(なので私は使っていないのですが...)
WindowTabsに昔からあるオリジナルの機能で、ワークスペースというものがあり、
こちらをいろいろ設定していただくと
いつもの自分のタブグループの配置設定、みたいな状態保存復帰ができますので
そちらを活用いただくとよいかもしれません。

自動グループ化はもう少し機能追加したいと思っているのですが
(ExcelやWord個別の自動グループ化ではなく、
ExcelとWordなど複数アプリを組み合わせた自動グループ化をしたい)
ちょっと難易度が高くて後回しとして考えているところなんです。

よりよいバージョンアップできるようにがんばってみます。
今後とも、よろしくお願いします。