便利だと言っていただいて、ありがとうございます。WindowTabsの改良版の作者です。

設定ダイアログの[プログラム]タブで、自動グループ化を選択していただけると
開いたと同時にタブ化しますので、その設定をしていただくことで便利さが上がると思います。

書いていただいた内容の通りですが、
自動グループ化されていないときでも、
タブのポップアップメニューで[新規ウィンドウ]を選んだときは
分離せずにグループ化されるUIの方が自然な感じしますね。
検討して将来バージョンで入れておくかもです。