改良版の作者です。

使っていただき、詳しく熱い要望をくださり、ありがとうございます。
コミュニケーションもらうと、がんばろう！と、はげみになります。

1. について、
今回自動グループ化をカテゴリごとに配置できたので
並び替えの必要性が高まりましたよね。

設定画面でいろいろするのは、少し難易度が高そうですので
まずは、タブグループ内に[このタブグループのタブを並び替える]
みたいなメニューを作って、その中に
[アプリ種類ごとに並べる]、みたいなのを用意してみようかと考えてみます

あと、設定によらず、
自動グループ化のときは右端からくっつくのではなく
種類別にくっつくようにしてしまえば、
全てのユーザーさんに使い勝手がいいかもしれないですね。

2. について
これはそうですよね。もともとからこういう動きだったので
自分もちょっと不便かなと思っていました。
設定をすべて表示すると、もう不要となる設定もずっと残ってしまいますので
[設定を削除]みたいな操作も必要となりそうなので
工夫して実装していこうと思います

3. について
便利かもなのですが、タブの分離時(Drag開始時)と
Drop時に、CtrlかShiftかを押されていることを検知するのですが、
なかなか難しそうに思っています。

タブの分割で、右とか左の複数のタブを
分離したり他のタブに連結したりできますので
そちらで代替していただければと思います。

今後とも使っていただけますように、がんばります。