2.については、大丈夫ですよ。
Word Excel PowerPointで同一カテゴリに設定したのに、
Wordを閉じて、PowerPointを閉じて、Excelだけ残してWindowTabsの設定を開くと、WordとPowerPointが見えない、という問題ですよね。
かなりいけてない機能に感じていますので改善予定です。

> WindowTabsのタブタイトルが変わってしまうこと。
> ワークスペースが記録しているタブタイトルと一致せず復元しなくなってしまう。

あー、なるほど、そうですよね。
今、動かしてみましたが、同名ウィンドウが複数あるときのワークスペースの復元がバグってるみたいですね...
そこのバグは直せるかもしれないですが、直しても意味あるんかな...

ワークスペースに登録してあるexeを起動しなおすこともできそうではありますが、
例えば、Test1.xlsxと、Test2.xlsx を起動していてワークスペースで保存されてたとして
次に開いたときExcelが起動してなかったら、Excelに対してTest1.xlsxとTest2.xlsx を読み込まるように起動しないといけないのですが
Test1.xlsx のパスを取得するのは困難ですし、
この問題はExcelだけじゃなくて、Officeソフトやエディタとかブラウザとか、いろんなもので発生するので
結局、ファイルを読み込ませた状態を復帰する、というのは現実的には無理かなと思います。