「難点を言えばテキストボックスなどに日本語を入力するとき、画面左上に日本語入力の小窓が開きそこで確定したものがテキストボックスに反映される。」

確かに日本語入力の時の状態はこのようになりますね。
でも、この小窓は手のひらツールでドラッグすれば好きな所に移動できます。問題はちょっと枠が小さい事です。

そこで、この枠を大きくする裏ワザの方法があります。
やり方は、

(1) 「タイプライター」か「テキストボックスツール」で書きたい所をクリックします。

(2) ショートカットの「Ctrl+K」で「環境設定」を呼び出し、左下の「ＵＩカスタマイズ」を選択して「共通ＵＩフォント」の項の、自動（メイリオ）9.0 pt (自動)を13 ptにして適用をクリックします。

(3) 次に、元の自動（メイリオ）9.0 ptを再び選択して適用→OKで閉じれば完了です。入力の枠が大きくなって見やすくなります。

ただこの設定は、ビューワーを終了すると無効になるので次回には設定をやり直す必要があります。面倒だけどちょとした手間で使いやすくなるので良しとします。
Foxit Readerも使ってみましたがバグが多く、結局このソフトに落ち着きました。