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追記です。
Spybot PortableとSpyware Blasterの免疫かけ直したら、３４MB以上に戻りました。
免疫かける前にレジストリエディタ開いて、マイコンピュータを選択し、
レジストリのまるごとバックアップをとっておいたので、レジストリ全体ではどれくらい差があるのか比べてみました。
免疫かける前が５２，４９７KB、かけた後が９０，９２４KB、免疫かけただけで３８MB以上増えてる。
ちなみにSpybotの方が影響でかいです、今のところ、このソフトを使って不具合は出てません。
デフラグ機能は、実行前に検査だけできるので、気になる方は試してみては。