レジストリの消去はデフォルト設定で検出された物をすべて消去すると
アプリが正常に動作しなかくなった事もあります(XP環境のみで発生しVistaと7環境では現象出ませんでした)
検出された物が何なのか判断出来ない場合は使わない方がいいかもしれません。

クリーナーの方は私の使用範囲では一度も問題出た事はありません。
他のクリーナー関連のソフトよりは比較的安全かもしれまん。
安全と言っても100%ではないので他よりマシってとこでしょうか。
すべてソフトまかせにするのはどのソフトでもしない方が無難です(当たり前かもしれませんが)