しおり付のPDFを結合させて、元のしおりが生きるのはこれしか見つけられませんでした。メニューが英語なので、あまり使い勝手がいいとは言えませんが貴重な存在だと思います。
編集途中で（保存前でも）今の設定でどうなっているかAdobe Readerで表示・確認できるのもいいです。
欲を言うと分割が、全部のページをばらすのではなく、ページの範囲を指定して切り出せるとよかったです。一旦全部ばらして、不要ページを消して再度結合すればできることはできますが、それだとしおりがページ単位でしか残りません。