近いうちに、コアとなっているChromiumが、Webkitをベースにしつつ、
独自の最適化されたBlinkというレンダリングエンジンになるとのことです。

http://googledevjp.blogspot.jp/2013/04/chromium-blink.html

http://ja.wikipedia.org/wiki/Blink_(%E3%83%AC%E3%83%B3%E3%83%80%E3%83%AA%E3%83%B3%E3%82%B0%E3%82%A8%E3%83%B3%E3%82%B8%E3%83%B3)

元々、Chromiumはかなり独自の要素はありましたが、
Webkit側ではGoogle関連の機能を外し、ChromiumはGoogle関係の機能のみに絞るようですね。
OSで例えるなら、LinuxとBSD系ぐらいの距離になるかもしれません。

一番気になるのは拡張機能ですが、これは元々Chromium独自の仕様なので、そんなに問題ないとは思いますが、実際にそのまま使えるかどうか、実装された時点で調べないことにはなんともですね。