金がなくESETを更新したくなかったので、使ってみましたが、
システムの不具合を修正する機能があり、それを使うと、誤ってブートファイルを削除されるかもしれません。
windows７が起動できなくなる原因不明のエラーが多発し、再インストールやハード部品の交換をしましたが、eset時代はこのような不具合が皆無だったことと、ハードは壊れていない（購入後約２年のPC）ことを確認したので、たぶんこのソフトが原因ではないかと疑っています。

私の環境では、たまに外付けのHDDを繋げることがあり、
外付けHDDの中にはwindows xpがインストールされています。
なので、windowsが2つあることを検知して、windows7の起動ファイルを消去するのではないか？と思っています。
あくまで個人的な推測です。アンインストールしてしばらくPCの様子を見ます。