他のソフトと比べると比較的安全な方かもしれませんが
デフォルト設定でも問題を起こす場合もあるので注意は必要かもです。
私の環境ではデフォルトでファイルクリーナーでチェックが入っている
NVIDIAのドライバー関連の項目をそのままにクリーナーすると
必要な物まで消去されずブルースクリーンを起こしてしまうようです。
(グラフィクカードのメーカーにより違いますので項目ない場合もあります)

以前から数日に一度パソコン起動時にブルースクリーンになり再起動されたり
起動後にパソコン使用中にいきなりブルースクリーンになり再起動される事がありました。
ある日、ビデオカードのドライバーがアップデートされたので最新にし
その次にこのソフトでクリーナーかけてる時に
ログに先日インストールしたばかりの最新ドライバーのバージョンが出てるではありませんか・・・
ひょっとしてと思いドライバーを再インストール後NVIDIAの項目をチェック外したら
それ以降ブルースクリーンは全くでなくなりましたので間違いなくこのソフトが原因だったと思います。

なのでデフォルトのままでは危険だと思いますのでシステムに大きく影響する項目は外した方がいいかもしれません。
私もこのソフトは安全かなと思ってたので疑いもしなかったので
原因特定までかなり日数がかかりました・・・
やはりこの手のソフトで「安全な物」はないと思います。