本ソフトの過去レビューにウイルスとかマルウェアという言葉が見受けられますが、
どのレビューも具体的な説明に欠け、ユーザーに不安を与えているだけと思います。
かなり昔から本ソフトを愛用していますが、私のＰＣ環境で脅威検出はありません。
最新のMediaCoder-0.8.33.5685,exeをＤＬ時、キチンとMD5が表示されます。
ＤＬした同ファイルをPsStudio（8.46）で検査すると、結果は異常ありません。
PeStudioは、「Virus Total」を採用しているので、信用してもよいと思います。
本ソフトの不安要素は、ソフト起動中に英国linode.comと通信していることです。
この外部通信を阻止すれば、本ソフトの機能は素晴らしくて手放せないソフトです。
ＰＣが複数台あれば、ネット接続しないエンコード専用機を作るのも一案でしょう。
オフラインならセキュリティ対策ソフトや不要ソフトを削除して軽量化も出来ます。